Saiz ronggasiklodekstrinmolekul mungkin sepadan dengan molekul tetamu, dan kumpulan hidroksil di tepi rongga boleh membentuk ikatan hidrogen dengan molekul tetamu. Sifat hidrofobik pedalaman membolehkan ia membungkus molekul lipofilik. Akibatnya, ia mempunyai keupayaan untuk mengenali dan berinteraksi secara selektif dengan molekul organik. Ia telah berjaya digunakan dalam pelbagai kaedah kromatografi dan elektroforetik untuk memisahkan pelbagai isomer dan enansiomer.
Banyak ubat atau prekursornya mempunyai sekurang-kurangnya satu pusat kiral, dan selalunya satu enansiomer aktif manakala satu lagi tidak aktif atau toksik. Penggunaan siklodekstrin atau polimer siklodekstrin meningkatkan teknologi pengasingan enansiomer, terutamanya dengan siklodekstrin diubah suai molekul kiral. Contohnya, Tang Kuowen et al. dimanfaatkan-siklodekstrinpolimer sebagai fasa pegun, polidimetilsiloksana sebagai pelarut, dan kromatografi gas untuk memisahkan isomer kedudukan dan isomer kiral bagi siri sebatian aromatik. Keputusan eksperimen menunjukkan bahawa siklodekstrin ini mempamerkan keupayaan pengecaman kiral yang kuat, terutamanya menunjukkan keupayaan pemisahan yang ketara untuk enansiomer alkena, keton, ester, dsb.
